La méthode des microhabitats développée au CEMAGREF de LYON permet actuellement d'obtenir une bonne image de la capacité d'accueil d'un cours d'eau salmonicole à Salmo trutta fario. Elle consiste à coupler sur une station d'étude représentative d'une partie du linéaire de celui ci, d'une part un modèle biologique traduisant les relations entre la présence et la densité relative d'un stade donné d'une espèce de poisson (ici la truite) et les valeurs des trois variables physiques caractéristiques de son habitat (la profondeur, la vitesse du courant et la granulométrie du lit), d'autre part un modèle hydraulique permettant à partir d'une campagne de mesure, de reconstituer pour différents débits, les valeurs des variables hydrodynamiques retenues. Pour sectoriser un cours d'eau, le typer et choisir les stations qui permettront d'en donner une image fiable à un moindre coût, il est nécessaire de bien connaître les différents types de faciès d'écoulement que l'on peut y rencontrer. L'identification de ces unités se fera sur le terrain au moyen de critères simples tels que la hauteur d'eau, la vitesse, la granulométrie, la forme des profils en travers et en long, la localisation et le tracé en plan. Elle sera si possible réalisée en période d'étiage moyen de façon à observer des conditions d'écoulement variées ce qui n'est plus le cas lorsque le débit augmente et «lisse» la surface libre.