Commencé en 1978 le programme de surveillance physico-chimique et biologique du Rhône dans le secteur du Bugey a pour objectif de suivre l'évolution du milieu récepteur (l'hydrosystème Rhône) et de déceler une évolution anormale d'un ou de plusieurs compartiments qui proviendrait des activités du CNPE de Bugey (EDF). Cette surveillance est basée sur : * la description des conditions environnementales générales (débit et température de l'eau) et de l'habitat des sites d'échantillonnage des communautés aquatiques ; analyse des écarts de température entre l'amont du CNPE et l'aval (sonde EDF de Loyettes) ; * des analyses de la qualité physico-chimique de l'eau (échantillonnages mensuels) ; * la surveillance de la communauté piscicole (4 campagnes - 7 stations + 1 campagne IPR). * la surveillance des communautés d'invertébrés benthiques et de diatomées (4 campagnes - 5 stations). L'influence du fonctionnement du CNPE du Bugey reste principalement notable au travers du réchauffement engendré en rive droite à l'aval immédiat du site, un échauffement résiduel étant toujours présent à Loyettes en dépit des phénomènes de mélange et de dilution en cours. Le fonctionnement et la qualité physico-chimique de l'eau n'apparaissent toutefois aucunement altérés par cet échauffement. Du point de vue biologique, aucun effet n'apparaît sur les peuplements de diatomées, ceux-ci montrant une situation plutôt homogène sur l'ensemble du linéaire. Une qualité biologique IBD légèrement moindre au rejet en seconde partie d'année lorsque les conditions hydrologiques et thermiques deviennent plus pénalisantes, est toutefois notée, avec la présence de certaines espèces polluotolérantes traduisant une plus grande fragilité du peuplement de cette station dans ces conditions. La situation est plus contrastée pour les macroinvertébrés pour lesquels la disparité (dégradation) amont-aval signalée depuis plusieurs années via l'échantillonnage par substrats artificiels reste récurrente, tant en termes de richesse que d'effectif ou de note indicielle. Il apparait toutefois difficile de trancher et d'apporter une explication définitive et satisfaisante, les influences étant multiples (thermie en RD, conditions hydrodynamiques en RG pour ce qui est de la station aval) et agissant en synergie dans ce type de milieu aménagé et soumis à divers stress anthropiques (aménagement physique, éclusées énergétiques, rejets thermiques, etc.). Enfin, à cela s'ajoute progressivement la part grandissante des taxons invasifs. D'un point de vue méthodologique, le protocole IBGA-DCE confirme bien la contribution de chacune des méthodes (et donc des compartiments transversaux du fleuve) à la qualité biologique invertébrés des différents secteurs étudiés et leur complémentarité. Enfin, de manière similaire, compte tenu du déséquilibre du peuplement de poissons (quelques espèces très abondantes et beaucoup d'espèces peu abondantes), de sa variabilité spatiale (entre stations) et temporelle (entre campagnes) aucune différence nette ne peut être mise en évidence entre l'amont et l'aval du CNPE. Ainsi aucune influence potentielle du CNPE sur le peuplement de poissons du Rhône ne peut être démontrée en 2018. Mais la note « excellente » ou « bonne » donnée par l'IPR à ce secteur du Rhône à partir des campagnes d'octobre (par pêche en continu et par pêche par unité d'échantillonnage, sauf pour l'amont) est assurément exagérée, même avec des conditions automnales qui rendent bien compte de la structure annuelle du peuplement de poissons.