La présente note, rédigée en réponse au mail national de questionnement du 08-02-2019 envoyé par Benjamin Jeannot, du Ministère de la Transition Ecologique et Solidaire (MTES/DEB/EARM3), vise à envisager l'arrivée, sur le court à moyen-terme, de la biologie moléculaire comme nouvelle méthode de détermination diatomique venant remplacer l'étape de détermination des inventaires diatomiques sur base d'observations-comptages sous microscope en vue de calculs indiciels, voire de diagnostic plus détaillé d'altérations anthropiques. Cette note balaie différents aspects, allant de la réalisation de l'échantillonnage jusqu'aux possibilités d'utilisation du résultat d'inventaires réalisés en méta-barcoding, afin d'envisager en bonne connaissance de cause les conséquences de l'introduction de cette nouvelle technique sur une mise en oeuvre rénovée de la bio-indication diatomique, dans un cadre d'application conforme à la DCE. Elle inclut tout d'abord une mise en garde contre la tentation de dégrader d'emblée le niveau de résolution atteignable par cette technique (à savoir la détermination fiable au niveau spécifique alors que, sous réserve de validation sérieuse de l'assignation des séquences, cette technique, en est parfaitement capable), dans le but de très court terme d'en démontrer le plus rapidement possible une convergence de résultats par rapport à la détermination taxonomique classique. Les avantages liés à cette technique innovante sont ensuite listés (pression d'observation accrue sur chaque relevé diatomique, limitation des erreurs liées à des effets-opérateurs, augmentation de la reproductibilité et de la robustesse des résultats de détermination taxonomique des inventaires), ainsi que ses limites liées à la pratique normative actuelle de nos réseaux de surveillance nationaux. Ainsi, il n'est pas possible dans l'état d'espérer rendre compte correctement, à partir de ce maillon diatomique benthique, de pressions anthropiques exercées sur les environnements aquatiques et non correctement décrites dans le cadre de la pratique routinière de ces réseaux (du type pressions physiques, pressions liées à certains micropolluants organiques de synthèse...). Enfin, il est rappelé quelques spécificités des méthodes de bio-indication diatomique utilisées dans différents contextes biogéographiques (territoire de France métropolitaine, avec application de l'IBD, territoires des DOM, avec plusieurs nouveaux indices diatomiques dédiés). La mise au point de ces outils a nécessité beaucoup de temps et d'utilisation de crédits publics et leurs principes de fonctionnement, adaptés aux spécificités des territoires d'application, en sont différents (utilisation de toute la composition indicielle de l'assemblage pour l'IBD, utilisation de listes spécifiques de taxons d'alerte, parfois par paramètre individuel d'altération, pour les nouvelles méthodes DOM). Plutôt que d'envisager de reconstruire de novo les relations pressions-impacts sur tous ces territoires, la solution à privilégier pour les années à venir serait de viser le niveau de détermination à l'espèce, puis de raccrocher les déterminations d'inventaires par métagénomique-aux listes et profils indiciels des outils diatomiques pré-existants.