Les auteurs de la communication sont impliqués dans le WP4 «Rivers » du programme 6ème PCRD REBECCA et, pour l'Equipe de Bordeaux du Cemagref, plus spécifiquement dans les tâches relatives à l'effet des nutriments sur le compartiment diatomique. Cependant, une question particulière à traiter dans ce meeting est de mettre en perspective la mesure d'impact anthropique par rapport à la trame naturelle existante et aux variations induites par les variabilités naturelles sur les notes des méthodes indicielles. Le but est ensuite de maîtriser et d'isoler les effets de la variabilité naturelle en repérant des zones considérées homogènes sur le plan des conditions naturelles et de leurs variabilités naturelles, afin de pouvoir mesurer ensuite plus spécifiquement les effets des altérations anthropiques. En d'autres mots, et comme le demande la DCE, cela revient à comparer un site à évaluer à sa référence adéquate. Pour pouvoir mettre cela en oeuvre, il faut être capable de repérer la trame biotypologique des assemblages naturels en bonne correspondance avec la trame abiotique du même territoire (i.e. les HER), afin d'évaluer ensuite les impacts anthropiques sur ces zones homogènes par comparaison avec la même référence régionale. La présente communication fait état des travaux de définition de la trame biotypologique actuellement en cours sur un jeu de données Français de 1785 couples « données abiotiques-relevés diatomiques »issus des 7 bassins hydrographiques de France. Un réseau neuronal non supervisé (la SOM) a servi à mettre en évidence 11 biotypes diatomiques, dont 5 sont sous influence strictement naturelle et 5 sont structurés par les gradients d'altérations anthropiques présents. Des essais de réduction du nombre de taxons pris en compte ont été effectués à partir des résultats du Global Structuring Index ou GSI, conduisant à des listes très raccourcies de taxons typiques de chaque ensemble naturel. De premières tentatives de grilles d'évaluation basées sur des valeurs de référence différentes par ensemble naturel ont enfin été présentées, ce travail restant à affiner et à stabiliser dans la suite du projet.