Mycobacterium bovis est l’agent étiologique principal de la tuberculose bovine (TB). Grâce aux mesures collectives appliquées pour détecter, éliminer les élevages infectés et protéger les élevages sains, la France est devenue indemne de TB en 2001. Mais cette zoonose à l’interface entre l’animal et l’homme reste endémique dans certaines zones, où la faune sauvage est également affectée. Dans ce contexte, l’analyse génotypique des souches de M. bovis isolées des systèmes multi-hôtes a dévoilée la nature complexe de la maladie. La réduction de la prévalence de la TB s’est accompagnée d’une diminution de la diversité génétique des souches à l’origine des foyers. Pourtant, des génotypes dominants persistent et circulent à la fois dans les élevages et la faune sauvage. Aujourd’hui, l’analyse du génome complet des souches, combinée aux études épidémiologiques, peut nous permettre d’affiner le scénario évolutif de M. bovis et d’appréhender si des phénomènes d’adaptation ou d’augmentation de leur pouvoir pathogène peuvent expliquer leur persistance et dissémination.