Genomic and epidemiological monitoring of yellow fever virus transmission potential
N. R. Faria
(1)
,
M. U. G. Kraemer
(1)
,
S. C. Hill
(1)
,
J. Goes de Jesus
(2)
,
R. S. Aguiar
(3)
,
F. C. M. Iani
,
J. Xavier
(2)
,
J. Quick
,
L. Du Plessis
,
S. Dellicour
,
Julien Thézé
(1)
,
R. D. O. Carvalho
,
G. Baele
(4)
,
C.-H. Wu
,
P. P. Silveira
,
M. B. Arruda
,
M. A. Pereira
,
G. C. Pereira
,
J. Lourenco
,
U. Obolski
,
L. Abade
,
T. I. Vasylyeva
,
M. Giovanetti
,
D. Yi
,
D. J. Weiss
,
G. R. W. Wint
,
F. M. Shearer
,
S. Funk
(5)
,
B. Nikolay
(6, 7)
,
V. Fonseca
,
T. E. R. Adelino
,
M. A. A. Oliveira
,
M. V. F. Silva
,
L. Sacchetto
,
P. O. Figueiredo
,
I. M. Rezende
,
E. M. Mello
,
R. F. C. Said
,
Douglas Almeida dos Santos
(2)
,
M. L. Ferraz
(2)
,
M. G. Brito
,
L. F. Santana
(2)
,
M. T. Menezes
,
R. M. Brindeiro
,
A. Tanuri
,
F. C. P. dos Santos
,
M. S. Cunha
,
J. S. Nogueira
,
I. M. Rocco
,
A. C. da Costa
,
S. C. V. Komninakis
,
V. Azevedo
,
A. O. Chieppe
,
E. S. M. Araujo
(2)
,
M. C. L. Mendonça
(2)
,
C. C. dos Santos
(2)
,
C. D. dos Santos
(2)
,
A. M. Mares-Guia
(2)
,
R. M. R. Nogueira
(2)
,
P. C. Sequeira
,
R. G. Abreu
,
M. H. O. Garcia
,
A. L. Abreu
,
O. Okumoto
,
E. G. Kroon
,
C. F. C. de Albuquerque
,
K. Lewandowski
,
S. T. Pullan
,
M. Carroll
,
T. de Oliveira
,
E. C. Sabino
,
R. P. Souza
,
M. A. Suchard
,
P. Lemey
,
G. S. Trindade
,
B. P. Drumond
,
A. M. B. Filippis
,
N. J. Loman
,
Simon Cauchemez
(6, 7)
,
L. C. J. Alcantara
(2, 8)
,
O. G. Pybus
(1)
1
University of Oxford
2 Laboratório de Biologia Molecular de Flavivírus [Rio de Janeiro]
3 UFRJ - Universidade Federal do Rio de Janeiro [Brasil] = Federal University of Rio de Janeiro [Brazil] = Université fédérale de Rio de Janeiro [Brésil]
4 Rega Institute for Medical Research [Leuven]
5 LSHTM - London School of Hygiene and Tropical Medicine
6 Modélisation mathématique des maladies infectieuses - Mathematical modelling of Infectious Diseases
7 C3BI - Centre de Bioinformatique, Biostatistique et Biologie Intégrative
8 UFMG - Universidade Federal de Minas Gerais = Federal University of Minas Gerais [Belo Horizonte, Brazil]
2 Laboratório de Biologia Molecular de Flavivírus [Rio de Janeiro]
3 UFRJ - Universidade Federal do Rio de Janeiro [Brasil] = Federal University of Rio de Janeiro [Brazil] = Université fédérale de Rio de Janeiro [Brésil]
4 Rega Institute for Medical Research [Leuven]
5 LSHTM - London School of Hygiene and Tropical Medicine
6 Modélisation mathématique des maladies infectieuses - Mathematical modelling of Infectious Diseases
7 C3BI - Centre de Bioinformatique, Biostatistique et Biologie Intégrative
8 UFMG - Universidade Federal de Minas Gerais = Federal University of Minas Gerais [Belo Horizonte, Brazil]
F. C. M. Iani
- Fonction : Auteur
J. Quick
- Fonction : Auteur
L. Du Plessis
- Fonction : Auteur
S. Dellicour
- Fonction : Auteur
Julien Thézé
- Fonction : Auteur
- PersonId : 184978
- IdHAL : julien-theze
- ORCID : 0000-0001-8188-9494
R. D. O. Carvalho
- Fonction : Auteur
C.-H. Wu
- Fonction : Auteur
P. P. Silveira
- Fonction : Auteur
M. B. Arruda
- Fonction : Auteur
M. A. Pereira
- Fonction : Auteur
G. C. Pereira
- Fonction : Auteur
J. Lourenco
- Fonction : Auteur
U. Obolski
- Fonction : Auteur
L. Abade
- Fonction : Auteur
T. I. Vasylyeva
- Fonction : Auteur
M. Giovanetti
- Fonction : Auteur
D. Yi
- Fonction : Auteur
D. J. Weiss
- Fonction : Auteur
G. R. W. Wint
- Fonction : Auteur
F. M. Shearer
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V. Fonseca
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T. E. R. Adelino
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M. A. A. Oliveira
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M. V. F. Silva
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L. Sacchetto
- Fonction : Auteur
P. O. Figueiredo
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I. M. Rezende
- Fonction : Auteur
E. M. Mello
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R. F. C. Said
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M. G. Brito
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M. T. Menezes
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R. M. Brindeiro
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A. Tanuri
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F. C. P. dos Santos
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M. S. Cunha
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J. S. Nogueira
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I. M. Rocco
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A. C. da Costa
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S. C. V. Komninakis
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V. Azevedo
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A. O. Chieppe
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P. C. Sequeira
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R. G. Abreu
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M. H. O. Garcia
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A. L. Abreu
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O. Okumoto
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C. F. C. de Albuquerque
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K. Lewandowski
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S. T. Pullan
- Fonction : Auteur
M. Carroll
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T. de Oliveira
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E. C. Sabino
- Fonction : Auteur
R. P. Souza
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M. A. Suchard
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P. Lemey
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G. S. Trindade
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B. P. Drumond
- Fonction : Auteur
A. M. B. Filippis
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N. J. Loman
- Fonction : Auteur
Simon Cauchemez
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1086782
- IdHAL : simon-cauchemez
- ORCID : 0000-0001-9186-4549
- IdRef : 101291809
Résumé
The yellow fever virus (YFV) epidemic in Brazil is the largest in decades. The recent discovery of YFV in Brazilian Aedes species mosquitos highlights a need to monitor the risk of reestablishment of urban YFV transmission in the Americas. We use a suite of epidemiological, spatial, and genomic approaches to characterize YFV transmission. We show that the age and sex distribution of human cases is characteristic of sylvatic transmission. Analysis of YFV cases combined with genomes generated locally reveals an early phase of sylvatic YFV transmission and spatial expansion toward previously YFV-free areas, followed by a rise in viral spillover to humans in late 2016. Our results establish a framework for monitoring YFV transmission in real time that will contribute to a global strategy to eliminate future YFV epidemics.