Différentes espèces microbiennes cohabitent fréquemment dans les aliments fermentés formant leur microbiote et entrainant de multiples interactions entre elles. Maîtriser les différentes facettes de la qualité de ces aliments implique une bonne connaissance des dynamiques du microbiote à l’échelle de l’espèce et des interactions entre espèces existant au cours du process de fabrication. Deux types de méthodes existent à l’heure actuelle pour décrire ces dynamiques et interactions : des méthodes culture-dépendantes, basées sur la culture des microorganismes sur des milieux sélectifs, et des méthodes culture-indépendantes souvent basées sur la détection des acides nucléiques. L’exemple donné dans cet article, la quantification de trois populations thermophiles d’importance technologique en fabrication fromagère par ces deux types de méthodes (culture et qPCR), montre la complémentarité de ces méthodes pour décrire les dynamiques des populations de chaque espèce et les interactions entre espèces.