Le génotypage de souches de Mycobacterium bovis fournit des informations qui permettent de suivre la transmission de la tuberculose bovine dans l’espace et dans le temps. Les génotypes de la collection de souches de M. bovis isolées dans les foyers bovins en France entre 2000 et 2013 ont été analysés par spoligotypage et typage VNTR. Parmi les 976 souches étudiées, 163 génotypes différents ont pu être déterminés, dont six représentaient presque la moitié de la totalité des souches de l’étude. Les génotypes restants étaient peu représentés pendant la période mais la régionalisation demeure une caractéristique clef. Les souches prédominantes, dont la plupart sont également présentes dans la faune sauvage, persistent pendant toute la période, s’amplifiant par expansion clonale localement et semblant se pérenniser. Des fluctuations dans la variabilité génétique de M. bovis au cours du temps ont été constatées, avec une diminution de la diversité au milieu de la période étudiée. Néanmoins, une tendance à l’augmentation du nombre de génotypes a été observée pendant la sous période 2009-2013, sans doute lié à l’amélioration de la surveillance au niveau national depuis la mise en place du nouveau plan de lutte en novembre 2011 qui a permis de détecter davantage de foyers. Cette grande variabilité génétique couplée à la forte régionalisation de génotypes fait du typage moléculaire un outil très puissant pour établir des hypothèses sur l’origine des foyers, mais également pour étudier les profils de transmission de l’infection et ainsi reconnaître les régions potentiellement à problème afin d’éviter sa propagation.