Grace aux méthodes de séquençage à haut débit, les communautés bactériennes présentes dans les aliments sont maintenant mieux connues. Les données acquises au cours de ces dernières années remettent en cause certains dogmes ou certaines habitudes dans l’analyse microbiologique des denrées alimentaires, mais ouvrent aussi de nouvelles possibilités. En effet, des espèces jusque-là inconnues ou inattendues sont parfois présentes en grand nombre dans les aliments. Un regard approfondi de la dynamique de ces populations au cours de la conservation a mis en évidence des synergies comme des exclusions et parfois remis en cause le rôle altérant de certaines espèces ou au contraire révélé un potentiel altérant inattendu. Enfin, les données de séquençage à haut débit ont montré les limites des méthodes culturales classiques utilisées pour garantir la salubrité ou la date limite de consommation des aliments. Elles pourraient concourir à une utilisation mieux maîtrisée et plus performante de la biopréservation par une connaissance accrue des interactions bactériennes lors de l’altération et lors de l’utilisation de flores protectrices, et contribuer à envisager la révision des critères utilisés pour l’analyse microbiologique des aliments et leur salubrité.