En se donnant pour objectif une meilleure compréhension des processus biologiques à l’œuvre dans les écosystèmes, la génomique environnementale réconcilie les approches systémiques et holistiques de l’écologie avec celles mécanistes et réductionnistes de la génomique, traditionnellement en opposition. Elle se veut donc intégratrice des différents niveaux d’organisation du vivant, des molécules à l’écosystème.