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Bioinformatic strategies to provide functional clues to the unknown genes in Plasmodium falciparum genome

Résumé : La lutte contre Plasmodium falciparum, l’espèce responsable de 90 % des formes mortelles du paludisme chez l’Homme, a pris une nouvelle direction avec la publication de son génome en 2002. Cependant, les espoirs de faire émerger de nouveaux « candidats de vaccins » ou des « cibles de nouveaux médicaments » ont été déçus par le faible nombre de gènes qui ont pu être annotés sur le plan fonctionnel – moins de 40 % au moment de la publication de son génome, juste au-delà de 50 % huit ans plus tard. Ce gain de 10 % de connaissances (parfois imprécises) résulte des efforts menés par toute la communauté scientifique dans plusieurs directions dont : la production de profils transcriptomiques et protéomiques au cours du développement du parasite et en réponse à des traitements médicamenteux ou stressants ; l’étude protéomique de compartiments subcellulaires ; le séquençage d’une diversité d’espèces proches du genre Plasmodium et dans le genre Plasmodium (permettant des comparaisons au niveau de génome entiers) et le séquençage de nombreuses souches de P. falciparum (permettant d’accéder au polymorphisme des gènes). En parallèle de cette production de données biologiques expérimentales, le développement d’outils bioinformatiques originaux adaptés aux spécificités de P. falciparum est rapidement apparu comme une priorité, face aux limitations rencontrées avec les outils classiques, utilisés pourtant avec succès sur d’autres génomes. C’est ce défi que le consortium PlasmoExplore, lancé en 2007, s’est proposé de relever. Cette revue ne couvre pas tous les efforts réalisés par la communauté internationale pour décrypter le génome de P. falciparum, mais se focalise sur les améliorations aux méthodes classiques et les développements de méthodes originales nouvelles que le consortium PlasmoExplore a mis en œuvre, ainsi que les leçons que l’on peut tirer de tels efforts.
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Article dans une revue
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https://hal.inrae.fr/hal-02659756
Déposant : Migration Prodinra <>
Soumis le : samedi 30 mai 2020 - 14:40:13
Dernière modification le : mardi 21 juillet 2020 - 10:38:03

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2010_Florent_Parasite_1.pdf
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Isabelle Florent, Eric Maréchal, Olivier Gascuel, Laurent Brehelin. Bioinformatic strategies to provide functional clues to the unknown genes in Plasmodium falciparum genome. Parasite, EDP Sciences, 2010, 17 (4), pp.273-283. ⟨10.1051/parasite/2010174273⟩. ⟨hal-02659756⟩

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