Cet article recherche si les objectifs d'équité et d'efficacité peuvent être conciliés lorsque l'on vise à améliorer la qualité de l'eau souterraine polluée par les nitrates d'origine agricole. La démarche est réalisée à travers la comparaison de deux programmes de réduction de ces pollutions dont on connaît les coûts, l'impact sur la qualité de l'eau et la relation entre les émissions polluantes et leurs coûts de réduction. Cette recherche a été réalisée sur un bassin d'alimentation près des Alpes en France. Elle a été conduite par des économistes en coopération étroite avec des agronomes et des hydrologues. Les difficultés pour évaluer l'impact environnemental des scénarios techniques envisagés sont résolues par la mise au point d'un indicateur d'efficacité environnementale permettant d'estimer le niveau de pollution nitrique dû à l'agriculture et de vérifier si les programmes envisagés permettent ou non d'atteindre les objectifs environnementaux préalablement définis. Les résultats montrent que seul un système de régulation flexible selon les productions permet de minimiser les coûts totaux de réduction de la pollution et de concilier les objectifs d'équité et d'efficacité. Cela s'explique par la présence de plusieurs systèmes de productions au sein des exploitations qui engendre une hétérogénéité des coûts de réduction de la pollution plus grande au sein des exploitations qu'entre elles.