Le but de l'article est de montrer que l'analyse économique de la multifonctionnalité, en particulier la prise en compte des services environnementaux de l'agriculture, via les concepts d'externalités et de biens publics permet de mieux cerner leurs modalités d'internalisation. L'introduction de la dimension territoriale semble en outre de nature à améliorer la finesse de cette analyse. Cette approche plus rigoureuse des "fonctions" environnementales de l'agriculture nécessite tout d'abord de clarifier un certain nombre de concepts développés par la théorie économique dans le champ des "market failures" et leurs modalités possibles de régulation, de façon à mieux différencier ces services environnementaux et leurs perspectives d'internalisation. On peut montrer alors que la problématique des externalités positives et négatives de l'agriculture est fort différente selon la structure des marchés visés par l'activité agricole et le degré de concurrence auquel les agriculteurs y sont confrontés : les marchés spécifiques et localisés de produits et services de qualité valorisant des ressources spécifiques territoriales constituent un vecteur privilégié d'internalisation des externalités liées à l'agriculture. Inversement, dans le cas des marchés de produits génériques soumis à une forte concurrence, l'internalisation "spontanée" des externalités est très difficile. Dans ce cas, la pression sur les prix et les coûts impose de facto le recours à des politiques publiques comme mode privilégié d'internalisation. Ces politiques s'avèrent plus efficaces si elles prennent en compte la dimension territoriale.