Generalizing the use of the canonical transformation for the solution of multivariate mixed model equations
Généralisation de l'utilisation de la transformation canonique pour la résolution des équations du modèle mixte multicaractère
Résumé
The canonical transformation converts t correlated traits into t phenotypically and genetically independent traits. Its application to multiple trait BLUP genetic evaluations decreases computing requirements, increases the convergence rate of iterative solvers and simplifies programming. This paper presents alternative ways to retain, at least partly, these desirable characteristics in situations where the canonical transformation is theoretically impossible: when some traits are missing in some animals (including when a reduced animal model is used), when more than one random effect is included in the model and when different traits are described by different models.
La transformation canonique remplace t caractères corrélés par t caractères génétiquement et phénotypiquement indépendants. Son application dans des évaluations génétiques de type BL UP multicaractères diminue les besoins informatiques, accroît la vitesse de convergence d’algorithmes de résolution itérative et simplifie la programmation. Cet article présente différentes manières de conserver au moins partiellement ces caractéristiques favorables dans les situations où la transformation canonique est théoriquement impossible, c’est-à-dire quand certains caractères sont manquants pour certains animaux (y compris lorsqu’un modèle animal réduit est utilisé), quand plus d’un effet aléatoire est inclus dans le modèle et quand différents caractères sont décrits par différents modèles.
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