La transformation canonique remplace t caractères corrélés par t caractères génétiquement et phénotypiquement indépendants. Son application dans des évaluations génétiques de type BL UP multicaractères diminue les besoins informatiques, accroît la vitesse de convergence d’algorithmes de résolution itérative et simplifie la programmation. Cet article présente différentes manières de conserver au moins partiellement ces caractéristiques favorables dans les situations où la transformation canonique est théoriquement impossible, c’est-à-dire quand certains caractères sont manquants pour certains animaux (y compris lorsqu’un modèle animal réduit est utilisé), quand plus d’un effet aléatoire est inclus dans le modèle et quand différents caractères sont décrits par différents modèles.