Par leur topographie, leur situation à proximité du littoral ou le long des fleuves, les zones humides font partie des écosystèmes les plus menacés par l'activité humaine. En France, la moitié des zones humides répertoriées en 1980 a subi des dommages importants ou a été rayée de la carte. Les zones humides interviennent dans la gestion de l'eau en soutenant la ressource et en étalant les crues, mais également en l'épurant et en assimilant les déchets. Ce sont aussi des écosystèmes ayant une très forte productivité (jusqu'à 40 t/ha de matière sèche par an) et une grande richesse écologique. C'est notamment là que se reproduisent de nombreuses espèces, dont des espèces migratrices menacées d'extinction. C'est pour protéger l'avifaune migratrice que fut signée, en 1971, la convention de Ramsar, à laquelle la France n'adhère que depuis 1986. Un certain nombre de sites français, dont les marais du Cotentin en Basse-Normandie, figurent dans la liste des zones humides d'importance internationale.