Les blessures qui mettent le bois à nu ont des origines diverses, accidentelles le plus souvent, parfois naturelles (élagage naturel). Les blessures ont pour conséquence la rupture d’un certain nombre d’éléments conducteurs dans lesquels la sève brute est en général sous tension. Toute blessure détermine donc un retrait de la sève et une aspiration de l’air atmosphérique et des spores de micro-organismes qu’il contient ; par la suite, on observe la formation de thylles et de gommes. Les spores des micro-organismes aspirées dans les éléments conducteurs peuvent pénétrer à plusieurs centimètres de profondeur, mais le bois joue néanmoins un rôle de filtre du fait notamment de la longueur limitée des vaisseaux et des éléments qui les forment. Les conditions qui règnent dans le bois (humidité, teneur en oxygène et en substances toxiques, etc) opèrent une sélection parmi les micro-organismes présents. Ceux qui se développent peuvent provoquer des pourritures du bois («carie») dues à la dégradation de la lignine ou/et de la cellulose des membranes (champignons lignivores). Les premiers organismes qui se développent dans le bois sont des pionniers, mais une succession parasitaire s’établit par la suite, selon le pouvoir de compétitivité de chaque organisme. Dans l’arbre, en réponse aux agressions subies, on peut mettre en évidence une zone de réaction et une zone de bois dégradé, chacune ayant des caractéristiques bien différentes. Le concept de compartimentation selon Shigo (CODIT) est exposé. Enfin, les possibilités de protection à l’égard des micro-organismes lignivores sont discutées, aucune méthode de lutte n’étant totalement satisfaisante.