Iterated nearest neighbour analysis of field experiments
Analyse de dispositifs par approches iteratives prenant en compte les performances des plus proches voisins
Résumé
Four iterated methods of analysis of agronomic trials were tested by simulation. Complete blocks and totally random analysis were also performed. The experimental trials were simulated with 4 different maps for soil fertility trend, added to controlled genetic values randomly placed within the trial and random values for error. Iterated spatial analysis proved more efficient than block analysis when the natural trend was irregular. Estimated residual variances were far lower than block analysis estimations but at no time did they they underestimate the introduced value as previously stated by some authors. It was found that unbiased estimations of genetic variances were obtained. Estimations from spatial analysis were less sensitive to reduction of block number. Among the 4 spatial methods tested, the iterated Papadakis method, using the average of nearest neighbour residuals as covariate, provided more information regarding the heterogeneity trend of the trial.
Quatre méthode itératives d’analyse de dispositifs agronomiques sont comparées à partir de simulations. Elles prennent en compte, sous forme d’une covariable, les performances des plus proches voisins dans les 2 directions du terrain. Les 4 méthodes diffèrent par la définition des voisins d’une part, et du coefficient associé à la covariable d’autre part. Les résultats d’analyses en blocs complets et en aléatoire total sont également présentés. Les dispositifs simulés sont construits à partir de 4 fonds de carte représentant l’hétérogénéité du terrain, sur lesquels sont répartis aléatoirement des jeux déterminés de valeurs génotypiques associées à des effets résiduels aléatoires. Les méthodes d’analyse spatiale testées, de type Papadakis itéré, s’avèrent plus performantes que l’analyse en blocs lorsque le gradient naturel du terrain est irrégulier. Les variances résiduelles estimées se trouvent largement réduites, mais jamais sous-estimées comme l’indiquaient de précédents travaux. Les estimations des variances génétiques s’avèrent non biaisées. De plus, les analyses spatiales sont moins sensibles au nombre de répétitions de chaque génotype. La méthode Papadakis itérée utilisant comme covariable la moyenne des résidus voisins apparaît la plus adaptée en raison de l’information supplémentaire qu’elle apporte sur l’hétérogénéité du terrain.
Domaines
Sciences agricoles
Origine : Fichiers éditeurs autorisés sur une archive ouverte
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