La méthylation de l’ADN, est la marque épigénétique la plus étudiée. Plusieurs méthodes pour l’étudier ont été développées, parmi lesquelles le Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS), présente certains avantages. Chez les mammifères, ce sont principalement les cytosines suivies d’une guanine (CpG) qui portent le groupement méthyle. Le RRBS permet de cibler les régions riches en CpG grâce à une digestion de l’ADN génomique par l’enzyme Msp1 (C^CGG), suivie d’une étape de sélection de taille. Ces régions riches en CpG appelées ilots CpG, se trouvent souvent dans ou à proximité des régions régulatrices de l’expression des gènes. Le RRBS a été mis en place dans le laboratoire fin 2014 à partir du protocole précédemment décrit (Gu et al., 2011) *. La préparation des librairies nécessite six grandes étapes qui peuvent être source de biais techniques. C’est pourquoi, le RRBS a été automatisé sur un robot STARlet (Hamilton). Cette automatisation permet de gagner 3h20 et libérer du temps manipulateur par rapport à la préparation manuelle, mais surtout cela permet d’augmenter le débit de préparation de librairies (12 à 24 en automatique vs 4 à 8 en manuel/semaines). Une comparaison de différents paramètres de qualité des librairies a été effectuée entre la préparation classique et automatisée, sur deux espèces (lapins et bovins) montrant que l’automatisation permet un gain et une plus grande reproductibilité du nombre de CpG analysés et donc un gain d’information. En deux ans, 388 librairies ont été préparées de façon automatique, pour sept projets différents, sur deux espèces (lapins, bovins) et des types cellulaires variés (spermatozoïdes, placenta, cerveau, monocytes, fibroblastes). Toutes les librairies ont été séquencées par IntegraGen sur HiSeq 4000. Nous avons pu constater une stabilité de plusieurs paramètres de qualité des librairies, dont nous montrerons quelques exemples.