South Green bioinformatics platform: Update 2015
A. Armero
,
Franc-Christophe Baurens
(1)
,
Stephanie Bocs
(1)
,
A. Breil
,
Frédéric F. de Lamotte
(2)
,
Alexis Dereeper
(2)
,
Gaëtan Droc
(1)
,
Jean François Dufayard
(1)
,
Nordine El Hassouni
(2)
,
Cédric Farcy
(1)
,
Olivier Garsmeur
(1)
,
Valentin Guignon
(3)
,
Chantal Hamelin
(1)
,
Yann Hueber
(3)
,
Ayite Kougbeadjo
(4)
,
Delphine Larivière
(1)
,
Pierre Larmande
(5)
,
Jonathan Lorenzo
(6)
,
Guillaume Martin
(1)
,
Cécile Monat
(5)
,
T. Ndomassi
,
Enrique Ortega Abboud
(1)
,
Bertrand Pitollat
(1)
,
Sébastien Ravel
(1)
,
Vincent Ranwez
(2)
,
Mathieu Rouard
(3)
,
E. Ruiz
(7)
,
François Sabot
(5)
,
Gautier Sarah
(2)
,
Guilhem Sempere
(1)
,
Marilyne Summo
(1)
,
Dominique This
(2)
,
Christine Tranchant-Dubreuil
(5)
,
Félix Vallier
(8)
1
Cirad -
Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
2 UMR AGAP - Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales
3 Biodiversity International
4 UY1 - Université de Yaoundé I
5 IRD - Institut de Recherche pour le Développement
6 UM - Université de Montpellier
7 INRA - Institut National de la Recherche Agronomique
8 Université de Lyon
2 UMR AGAP - Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales
3 Biodiversity International
4 UY1 - Université de Yaoundé I
5 IRD - Institut de Recherche pour le Développement
6 UM - Université de Montpellier
7 INRA - Institut National de la Recherche Agronomique
8 Université de Lyon
A. Armero
- Fonction : Auteur
Stephanie Bocs
- Fonction : Auteur
- PersonId : 753343
- IdHAL : stephanie-bocs
- ORCID : 0000-0001-7850-4426
- IdRef : 089427181
A. Breil
- Fonction : Auteur
Frédéric F. de Lamotte
- Fonction : Auteur
- PersonId : 745174
- IdHAL : frederic-de-lamotte
- ORCID : 0000-0003-4234-1172
Gaëtan Droc
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1213825
- ORCID : 0000-0003-1849-1269
- IdRef : 250355345
Jean François Dufayard
- Fonction : Auteur
- PersonId : 760384
- ORCID : 0000-0002-7427-6822
- IdRef : 086180649
Olivier Garsmeur
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1250764
- ORCID : 0000-0001-8869-3689
- IdRef : 250349809
Valentin Guignon
- Fonction : Auteur
- PersonId : 760383
- ORCID : 0000-0003-0903-6811
Pierre Larmande
- Fonction : Auteur
- PersonId : 753219
- IdHAL : pierre-larmande
- ORCID : 0000-0002-2923-9790
- IdRef : 122767802
Guillaume Martin
- Fonction : Auteur
- PersonId : 742229
- IdHAL : guillaumemartinisem
- ORCID : 0000-0002-5203-5091
- IdRef : 126791325
Cécile Monat
- Fonction : Auteur
- PersonId : 793946
- ORCID : 0000-0002-0574-3976
- IdRef : 223451398
T. Ndomassi
- Fonction : Auteur
Sébastien Ravel
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1019488
- ORCID : 0000-0001-6663-782X
- IdRef : 250365758
Vincent Ranwez
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1072164
- IdHAL : vincent-ranwez
- ORCID : 0000-0002-9308-7541
- IdRef : 070941998
Mathieu Rouard
- Fonction : Auteur
- PersonId : 769134
- ORCID : 0000-0003-0284-1885
François Sabot
- Fonction : Auteur
- PersonId : 735954
- IdHAL : francois-sabot
- ORCID : 0000-0002-8522-7583
- IdRef : 083268391
Gautier Sarah
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1206554
- IdHAL : gsarah
- ORCID : 0000-0001-5179-972X
Dominique This
- Fonction : Auteur
- PersonId : 971382
- ORCID : 0000-0003-0280-6596
Résumé
In 2015, the South Green Bioinformatics Platform http://www.southgreen.fr/ is a network of 35 bioinformaticians from five biology research institutes working with two High - Performance Computing Data Centres to develop and use new tools for NGS/ Omic analytics of tropical and Mediterranean crops under projects studying relationsh ip between genetic diversity, agronomic performance and response to selection. South Green is affiliated to the South regional centre of the French Institute of Bioinformatics (the French node of the European research infrastructure, ELIXIR). This communit y and the HPC data centres are all located in Montpellier, which facilitates close collaboration and significant pooling to best meet the biologists' demands of our research units. Since 2004, we developed web - based applications with both generic and in - ho use components, for databases, analysis workflows and web interfaces, in order to: manage genetic and phenotypic information ( e.g. TropGeneDB), analyse molecular markers and genetic diversity ( e.g. SNiPlay), assemble transcriptomes ( e.g. ESTtik) map RNA - Se q ( e.g. ARCAD), annotate and compare genomes ( e.g. GNPAnnot), reconstruct evolutionary history of gene families by phylogenomics ( e.g. GreenPhyl). We also participate to the analysis of numerous crop species, that requires computing and storage facilities as well as interoperable information systems, such as rice ( e.g. OryGenesDB), wheat, sorghum, sugarcane, banana (Banana Genome Hub), palms, yam, coffee (CGH), rubber, cacao (CocoaGenDB), cotton, apple, grapevine, olive, eucalyptus, cassava. To face the dat a deluge, we must increase our analytics capabilities. We document our operation at both, administrator/ developer and user/ scientist level, to provide high quality services and reproducible research. We pool into working groups on key themes such as GBS, at both, developer (extreme pair programming) and user (interdisciplinary knowledge exchange) level. We provide training sessions each year. Finally, we implemented several instances of the Galaxy workflow manager and encapsulated our tools. These instanc es serve as a catalyst for massive NGS analyses but it remains to increase storage capacity and improve data management plans. (Résumé d'auteur)