Parentage assignment in the French sheep and goat populations under selection
Assignation de parentés pour les populations françaises de petits ruminants en sélection
Résumé
Complete and accurate pedigree information is difficult to get in small ruminants. This results in less and less farms involved in selection schemes and in a loss of efficiency of those selection schemes. Molecular DNA markers are tools of choice for assigning parentage after animal birth. A questionnaire has been submitted to breeders and selection scheme managers and results point out their interest in such a technique which could spread out if it is proposed at a reasonable cost. Thirty French sheep populations have been genotyped with high density SNP chips (800,000 or 60,000 markers) in order to only select informative markers in these breeds. A 249 SNP panel was retained, those SNP having passed through stringent filters on call-freq, minor allele frequency, Hardy-Weinberg equilibrium, Mendelian compatibilities and their position on the genome. The SNP panel for goat assignment is under construction.
L’obtention des filiations complètes dans les filières de petits ruminants est très contraignante. Cela constitue un obstacle majeur à l’engagement des éleveurs en sélection et induit, pour certaines races, des généalogies incomplètes qui affectent l’efficacité de leurs schémas. Les marqueurs moléculaires sont de bons outils pour permettre d’assigner a posteriori les parentés des animaux. Des enquêtes menées auprès des éleveurs et gestionnaires de schémas de sélection ont confirmé l’intérêt certain pour cette technique qui pourrait être déployée sur le terrain si le coût proposé reste raisonnable. Trente populations ovines françaises ont ainsi été génotypées sur des puces à haute densité de marqueurs (800 000 ou 60 000 SNP) afin de ne retenir que les marqueurs les plus informatifs dans les races françaises. Un panel de 249 SNP a été retenu, ces SNP ayant correspondu aux critères stringents établis sur le pourcentage de typages présents, la fréquence allélique, le respect de l’équilibre de Hardy-Weinberg, les compatibilités mendéliennes ainsi que leur répartition sur le génome. La sélection d’un groupe de marqueurs pour l’espèce caprine est en cours.
Origine : Fichiers éditeurs autorisés sur une archive ouverte