Les Journées d'Ecotoxicologie Microbienne, organisées à Lyon du 20 au 22 mars 2013, avaient pour objectifs de réunir pour la première fois les chercheurs traitant de cette thématique afin i) de dresser un état des lieux des forces en présence dans ce domaine à l'échelle nationale, et ii) d'engager une réflexion collective quant à ses évolutions futures. Rassemblant une quarantaine de chercheurs représentant plus de 25 laboratoires répartis sur tout la France, elles ont permis, à partir d'une enquête web menée au préalable auprès des chercheurs, d'une étude bibliométrique et d'une démarche participative innovante (de type "world café"), d'identifier dans un premier temps les principaux enjeux de la thématique d'Ecotoxicologie Microbienne. Ceux-ci ont été regroupés en quatre catégories (sociétale, scientifique, d'interface, organisationnelle). Sur la base de ces enjeux, les chercheurs ont collectivement définis des objectifs à atteindre en hiérarchisant les pistes d'actions à mettre en œuvre pour y parvenir. Si certains de ces enjeux, objectifs et pistes d'action sont spécifiques à l'écotoxicologie microbienne, d'autres sont tout à fait transférables aux différents domaines de l'Ecologie Microbienne. Nous nous proposons donc de présenter ici les objectifs, la démarche et les principales conclusions de ces journées.