Le cheval est un herbivore monogastrique. L’hydrolyse et la fermentation des composés fibrolytiques de la ration en acides organiques se déroulent essentiellement au niveau du gros intestin (caecum et côlon) grâce à une flore et une faune microbienne dense et diverse. Parmi les microorganismes présents à ce niveau du tractus digestif, les bactéries ont été les plus étudiées. Il est connu que des régimes alimentaires riches en concentré, distribués aux chevaux à l’exercice pour couvrir leurs besoins énergétiques « élevés », peuvent être source de dysmicrobismes au niveau du gros intestin. A long terme ces régimes peuvent engendrer l’apparition de pathologies digestives comme les coliques. Même si le lien entre modifications de la composition de la communauté bactérienne intestinale équine et apparition de pathologies digestives est fortement supposé, celui ci reste à démontrer. L’étude de ces communautés est donc essentielle pour mieux comprendre et prévenir l’apparition de pathologies digestives. Ces investigations nécessitent la collecte de contenus digestifs au niveau du caecum et du côlon. Peu d’équipes de recherche disposent de chevaux fistulisés permettant un accès au contenu du gros intestin. En l’absence d’un tel modèle, les prélèvements de contenu digestif ne peuvent se faire que par chirurgie ou abattage. Cependant ces procédés sont souvent lourds au niveau expérimental, coûteux et éthiquement peu acceptables. Ainsi, bon nombre d’équipes de recherche analysent les communautés bactériennes intestinales équines en effectuant des prélèvements de fèces et en extrapolant les résultats obtenus à l’ensemble de gros intestin. Le but de la présente étude était d’évaluer la représentativité des fèces équin par rapport au caecum et au côlon. Pour cela la structure de la communauté bactérienne fécale a été comparée à celles du caecum et du côlon via une technique d’empreinte moléculaire : l’ARISA (Automated Ribosomal Intergenic Spacer Analysis). Quatre chevaux adultes, fistulisés au niveau du caecum et du côlon, ont été nourris avec un régime identique (75% de fourrage et 25% de concentré). Quatre heures après le repas du matin, les contenus digestifs provenant du caecum et du côlon ont été prélevés via l’ouverture des fistules, tandis que les prélèvements de fèces ont été réalisés par fouille rectale. Quel que soit le segment digestif considéré (caecum, colon et rectum), la structure des communautés bactériennes du gros intestin était significativement différente d’un individu à l’autre (P<0.05). La comparaison des communautés bactériennes du gros intestin équin a mis en évidence, quel que soit le cheval considéré, que les profils obtenus pour le caecum et le côlon n’étaient pas significativement différents (P>0.05). En revanche, concernant la structure de la communauté bactérienne fécale, celle ci était significativement différente de celle du caecum et du côlon (P=0.04 et P=0.002, respectivement). Nos résultats remettent en cause la représentativité des fèces. Cependant dans cette étude nous n’avons observé que la structure des communautés bactériennes dans des conditions expérimentales particulières. Afin de statuer sur la représentativité des fèces, ces résultats devront être complétés par d’autres travaux comparant, à nouveau, la structure, mais aussi la composition et l’activité enzymatique de ces communautés bactériennes dans d’autres conditions environnementales.