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Conference papers

Vers le clonage positionnel d'un facteur de résistance quantitative à Melampsora larici-populina chez le peuplier

Résumé : La rouille foliaire causée par Melampsora larici-populina Kleb. (Mlp) est une des principales maladies affectant les peupleraies européennes. Nous avons identifié un facteur de résistance quantitative à Mlp hérité du génotype Populus trichocarpa 101-74, Rus, qui peut réduire de 60% le niveau de sporulation après inoculation contrôlée et qui a un effet significatif en conditions naturelles d'infection. Ce facteur est localisé sur une carte génétique basée sur l'analyse d'une famille Fi Populus deltoïdes x P.trichocarpa. Un travail de clonage positionnel du facteur Rus est en cours de réalisation. Pour identifier des marqueurs plus proches de Rus, nous avons utilisé la technique de Bulk Segregant Analysis (BSA). Une puissance de tri importante (15 bulks de génotypes contrastés Rus et rus, et 114 couples d'amorces AFLP testés) a permis d'amplifier 7 marqueurs discriminants les génotypes Rus et rus. Ces 7 marqueurs et 2 marqueurs AFLP déjà cartographiés ont été clonés, séquencés pour permettre le développement de marqueurs STS et le génotypage à moindre coût de la famille étendue à 1300 génotypes Fi. Le marqueur le plus proche est situé à 2.9 cM. La cartographie de ces bandes et de 5 marqueurs microsate1lites additionnels ainsi que les résultats des alignements avec la séquence de P. trichocarpa Nisqually-1 permet de cibler la région d'intérêt. Nous avons défini une zone exploratoire d'environ 400 kb sur laquelle nous avons déjà détecté des analogues de gènes de résistance de type NBS-LRR. Une banque BAC du clone d'intérêt 101-74 comptant environ 52 000 clones a été construite et organisée en pool ligne puis en pool plaque pour optimiser la recherche de BAC portant Rus. Un ensemble de 70 locus micro satellite répartis sur l'ensemble du génome, choisis d'après les données de cartographie génétique ont été utilisés pour confirmer la couverture de la banque préalablement estimée à 14X. Les marqueurs génétiques, les plus proches du gène sont utilisés pour cribler la banque par PCR sur pool plaque puis la recherche de la coordonnée dans la plaque est menée. La carte physique locale sera initiée après la réalisation des empreintes de chaque clone BAC sélectionné. Parallèlement, une annotation expertisée de la région de 500 000 bases du chromosome XIX de Nisqually-1 entre les bases 800 000 et 1 300 000 est en cours pour identifier les gènes dans cette zone. L'objectif ici étant de développer de nouveaux marqueurs dans les gènes pour faire le lien entre locus d'intérêt et gène.
Document type :
Conference papers
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https://hal.inrae.fr/hal-02751192
Contributor : Migration Prodinra <>
Submitted on : Wednesday, June 3, 2020 - 5:39:20 PM
Last modification on : Monday, September 6, 2021 - 12:20:02 PM

Identifiers

  • HAL Id : hal-02751192, version 1
  • PRODINRA : 32242

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Citation

Véronique Jorge, Catherine Bastien, Louisa Bataille, Alois Bresson, Paul Chalhoub, et al.. Vers le clonage positionnel d'un facteur de résistance quantitative à Melampsora larici-populina chez le peuplier. 9. Journées du Groupe de Biologie Moléculaire des Ligneux, Mar 2006, Orléans, France. ⟨hal-02751192⟩

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