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Conference papers

Détection de régions génomiques homologues par un algorithme de flots avec coûts

Résumé : L’identification de régions génomiques homologues, c’est à dire possédant une origine ancestrale commune, est centrale à l’étude des génomes. La difficulté résulte de l’érosion des traces de cette relation d’homologie. Le principe est alors de rechercher des signatures d’homologie parmi un ensemble de courtes régions similaires. Nous présentons un formalisme modélisant toutes les solutions dans un graphe. Dans ce graphe, un chemin est une représentation de deux régions potentiellement homologues et notre but est de retrouver un ensemble cohérent de chemins, c’est à dire de régions homologues. Cet ensemble est reconstruit à l’aide d’une méthode d’optimisation globale basée sur la théorie des flots.
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Conference papers
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https://hal.inrae.fr/hal-02752130
Contributor : Migration Prodinra Connect in order to contact the contributor
Submitted on : Wednesday, June 3, 2020 - 6:28:25 PM
Last modification on : Thursday, November 18, 2021 - 4:19:11 AM
Long-term archiving on: : Friday, December 4, 2020 - 6:01:39 PM

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Détection de régions génomi...
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  • HAL Id : hal-02752130, version 1
  • PRODINRA : 262308

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Eric Audemard, Thomas Faraut, Thomas Schiex. Détection de régions génomiques homologues par un algorithme de flots avec coûts. Congrès ROADEF'2010, Société Française de Recherche Opérationnelle et d'Aide à la Décision (SFROAD). FRA., Feb 2010, Toulouse, France. 2 p. ⟨hal-02752130⟩

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