Détection de régions génomiques homologues par un algorithme de flots avec coûts - INRAE - Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement Access content directly
Conference Papers Year : 2010

Détection de régions génomiques homologues par un algorithme de flots avec coûts

Abstract

L’identification de régions génomiques homologues, c’est à dire possédant une origine ancestrale commune, est centrale à l’étude des génomes. La difficulté résulte de l’érosion des traces de cette relation d’homologie. Le principe est alors de rechercher des signatures d’homologie parmi un ensemble de courtes régions similaires. Nous présentons un formalisme modélisant toutes les solutions dans un graphe. Dans ce graphe, un chemin est une représentation de deux régions potentiellement homologues et notre but est de retrouver un ensemble cohérent de chemins, c’est à dire de régions homologues. Cet ensemble est reconstruit à l’aide d’une méthode d’optimisation globale basée sur la théorie des flots.
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Dates and versions

hal-02752130 , version 1 (03-06-2020)

Identifiers

  • HAL Id : hal-02752130 , version 1
  • PRODINRA : 262308

Cite

Eric Audemard, Thomas Faraut, Thomas Schiex. Détection de régions génomiques homologues par un algorithme de flots avec coûts. Congrès ROADEF'2010, Société Française de Recherche Opérationnelle et d'Aide à la Décision (SFROAD). FRA., Feb 2010, Toulouse, France. 2 p. ⟨hal-02752130⟩
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