Les communautés planctoniques naturelles du réservoir de Combani (Mayotte) ont été exposées expérimentalement à 2 herbicides (diuron, paraquat) et un insecticide (fénitrothion). Ces molécules font partie des pesticides en usage dans la zone intertropicale, que ce soit en agriculture ou pour le contrôle des insectes vecteurs de maladies. Les organismes ont été exposés à deux concentrations différentes de chaque molécule pure pendant 6 jours dans des microcosmes de 20L en conditions semi-naturelles, au cours desquels leur abondance et leur activité ont été évaluées, en parallèle avec certains paramètres physico-chimiques. Les deux herbicides sont restés stables en concentration au cours de l’expérimentation, alors que l’insecticide fénitrothion s’est dégradé (demi-vie calculée d’une quarantaine d’heures). Le bactérioplancton a été peu affecté sur le plan de la biomasse et de l’activité totale par les ajouts de pesticides, alors que la diversité fonctionnelle était relativement réduite par les plus fortes concentrations (diuron 11.4 µg/L, paraquat 22.5 µg/L et fénitrothion 34.7 µg/L). Le phytoplancton a été relativement peu affecté par l’ajout de pesticide, essentiellement par l’ajout de paraquat (diminution de la biomasse totale) ou de diuron (augmentation du contenu en chlorophylle). Cependant, la diversité taxinomique du phytoplancton a diminué sous l’effet du paraquat et du fénitrothion, accentuant la dominance des chlorophycées dans la communauté de producteurs primaires. En présence de pesticide, les communautés microbiennes eucaryotes présentent des trajectoires d’évolution de diversité (empreinte génétique) différentes au cours du temps. Ces trajectoires dépendent de la nature du pesticide et dans une moindre mesure de la dose appliquée. Les flagellés hétérotrophes ont été particulièrement sensibles au paraquat et à la plus forte dose de diuron, alors que le zooplancton montrait une sensibilité aux molécules dépendante à la fois de l’espèce et de la classe d’âge considérée. De façon inattendue le zooplancton, dominé en nombre et biomasse par le cyclopide carnivore Thermocyclops decipiens et le cladocère herbivore Diaphanosoma excisum, s’est avéré sensible aux herbicides, alors que l’insecticide n’a affecté que les stades les plus jeunes de ces organismes. Les effets directs et indirects ont pu être mis en évidence, dépendant à la fois de la molécule et de la dose appliquée, sur ces communautés naturelles issues de milieux a priori vierges de contaminations antérieures. Ce type d’étude peut contribuer à compléter les connaissances encore parcellaires en matière d’évaluation des risques en milieu tropical.