L’analyse du phytoplancton, à la base du réseau trophique, est primordiale pour comprendre le fonctionnement des écosystèmes aquatiques. De plus les microalgues (et les cyanobactéries) constituent un bio-indicateur de choix, retenu dans le contexte de la Directive Cadre Européenne sur l’Eau pour statuer sur l’état (eutrophisation) des milieux et de leur évolution. La chlorophylle a qui peut être définie comme un estimateur de la biomasse phytoplanctonique a été et continue d’être utilisée pour décrire l’état de santé des milieux lacustres. Elle peut être mesurée par différents moyens et à des échelles de temps et d’espace variable (sondes immergeables avec capteur de fluorescence ; prélèvement pour extraction, dosage et mesure de concentration réelle ; imagerie satellitaire). Nous avons testé la sonde spectrofluorométrique bbe Fluoroprobe immergeable dans le lac Marne à 6 stations pendant 2 ans, qui en plus de donner une biomasse en équivalent chlorophylle a permet de discriminer 4 groupes d’algues : algues vertes, diatomées-dinoflagellés, cyanobactéries bleue-vertes, espèces riches en phycoérythrine (Beutler et al. 2002). En parallèle, la chlorophylle a a été dosée et la taxonomie et le biovolume spécifique du phytoplancton déterminés.