RESUME - Le programme national d’amélioration génétique pour la résistance à la tremblante (PNAGRT) basé sur la variabilité du gène PrP, a été mis en place en octobre 2001. Rapidement l’allèle VRQ a disparu parmi les béliers des 26 races ovines en sélection et nous observons une augmentation moyenne de 35 % de la fréquence de l’allèle ARR parmi les agneaux mâles nés et génotypés en 2005 par rapport à 2001-2002 (Brochard et al., 2006). Face à la nature, l’ampleur et l’efficacité du PNAGRT, 2 risques sont à considérer : une perte de variabilité génétique et une baisse de niveaux génétiques pour d’autres caractères sélectionnés. Une étude, financée par le Ministère de l’Agriculture en 2004 et 2005, a porté sur l’évolution de la variabilité génétique dans 4 races ovines : Berrichon du Cher (BCF), Causses du Lot (CDL), Manech Tête Rousse (MTR) et Mouton Charollais (CHL). Elle repose sur l’analyse conjointe des pedigrees et d’un panel de 29 marqueurs microsatellites pour 2 échantillons d’une centaine d’individus par race : des animaux nés avant l’introduction de la sélection sur PrP et des animaux nés 3 ans après. D’après le nombre moyen d’allèles observés et l’hétérozygotie attendue, la perte de variabilité génétique est très nette concernant le gène PrP (-60 % d’hétérozygotie) et les marqueurs qui lui sont très proches (-40 % d’hétérozygotie), conformément à nos attentes. En revanche, elle est insignifiante sur les 24 autres marqueurs répartis sur l’ensemble du génome (au plus 2 % d’évolution moyenne). De plus, l’étude de la probabilité d’origine des gènes, à partir des pedigrees, ne montre pas non plus d’évolution majeure : les plus importantes évolutions du nombre d’ancêtres expliquant 50 % des gènes sont une diminution en BCF, de 9 à 7 et une augmentation en CDL, de 14 à 16. Parallèlement, l’étude de l’évolution annuelle moyenne des niveaux génétiques sur les caractères de production ne révèle pas d’impact majeur. Les évolutions observées, concomitantes à la mise en place du PNAGRT, sont comprises entre une stabilisation des niveaux génétiques en CHL et un maintien du progrès génétique en MTR. En conclusion malgré l’ampleur et l’efficacité du PNAGRT, dans des races particulièrement à risque, ni la variabilité génétique (en dehors de la région du gène PrP) ni les niveaux génétiques ne semblent avoir été fortement impactés. Ces conclusions sont à nuancer selon les races en raison de l’importante hétérogénéité qui existe (situation initiale, taille de la population, schéma de sélection…). Par ailleurs le recul dont nous disposons est très limité.