Les co-publications scientifiques des 3 premiers pays scientifiques européens (Royaume-Uni, Allemagne, France) ont doublé dans la dernière décennie, mais aucun lien préférentiel entre ces pays n'apparaît quand on neutralise l'effet de taille des pays concernés. Le processus de construction européenne ne semble pas avoir créé pour l'instant un espace privilégié de coopération entre les pays. Dans le présent travail on se place à un autre niveau d'observation, celui des régions françaises et allemandes, en examinant particulièrement le cas des régions frontalières. L'hypothèse de base est que ces régions frontalières (Alsace-Lorraine/Bade-Wurtemberg, Rhénanie-Palatinat, Sarre) jouent un rôle de premier plan dans les collaborations entre les deux pays du fait de leur poids scientifique, de leur proximité géographique, culturelle et linguistique. On constate bien un volume de collaboration scientifique entre les régions frontalières significativement plus élevé que ne le laissent prévoir leurs tailles respectives. La proximité géographique et la proximité linguistique et culturelle se conjuguent pour déterminer cette forte affinité. Ces régions ne sont toutefois pas prépondérantes en termes absolus dans la coopération franco-allemande, notamment du fait du poids écrasant de l'Ile de France dans la production (et donc dans la coopération) scientifique française. Une modélisation plus globale des relations entre régions à l'échelle européenne est nécessaire.