L'avènement des technologies de séquençage et de génotypage à haut débit permet de comparer des patrons de polymorphisme pour un très grand nombre de marqueurs. Distinguer les effets de l'histoire démographique (au sens large) des effets de la sélection, permet de caractériser les régions génomiques impliquées dans l'adaptation des organismes à leur environnement local. Dans cet exposé, je présenterai différentes méthodes, développées dans notre groupe, visant à identifier des régions génomiques sous sélection. Je parlerai également de certains développements récents, permettant notamment de mieux prendre en compte l'information apportée par le déséquilibre de liaison entre marqueurs.