La forêt Amazonienne, caractérisée par sa biodiversité et son hétérogénéité d’habitat est riche de son histoire. Récemment, la réserve naturelle des Nouragues, en Guyane française a fait l’objet de fouilles archéologiques. Ainsi, des habitats anciennement anthropisés, en apparence drainants, comme des montagnes couronnées y ont été découverts. Ici, une approche de métabarcoding est réalisée en utilisant l’ITS pour estimer la composition et la structure des communautés fongiques de sol prélevées sur 8 sites anciennement anthropisés et 3 sites de forêt mature. La diversité beta est caractérisée sur la base des unités taxonomiques opérationnelles (OTUs) et la relation entre l’habitat, l’histoire et la composition des communautés est testée. La diversité beta est très importante inter sites, et les différences locales entre les communautés de champignons ne semblent pas être expliquées par une anthropisation ancienne des sites. Toutefois, les sites anthropisés abritent une grande diversité d’espèces de champignons. Ces sites, comprenant les montagnes couronnées hébergent plus d’espèces indicatrices que les sites de forêt mature, non anthropisés par le passé. Cependant, l’histoire des sites reste à préciser et permettra de mieux interpréter les différences observées.