Chez les eucaryotes, l'ADN est organisé en domaines plus ou moins compactés, avec des taux de transcription plus ou moins élevés, et qui sont marqués différentiellement par un certain nombre de marques épigénétiques (méthylation de l'ADN, modifications post-traductionnelles des histones, variants d'histones, etc.). Il est fréquent d'essayer de corréler le niveau d'expression des gènes avec la présence ou l'absence d'une marque épigénétique à proximité des sites d’initiations de la transcription (raccourcis en TSS, pour transcription start sites). Pour générer ce type de figures, il est nécessaire d'être en possession d'une liste de sites d’initiation de la transcription. Et donc, de se poser cette question fondamentale : Qu'est-ce qu'un site d’initiation de la transcription ?