Insyght (http://genome.jouy.inra.fr/Insyght) est un outil de visualisation conçu pour améliorer la lisibilité et la navigation parmi des réarrangements génomiques complexes, des homologues et les régions génomiques idiosyncrasiques à l'échelle de plusieurs organismes. Les nouveautés apportées par cet outil sont les suivantes : - Une vue d'organisation génomique dont l'originalité est d'associer une représentation symbolique et une représentation proportionnelle. La représentation symbolique améliore la lisibilité de la région génomique d'intérêt, alors que la représentation proportionnelle permet de localiser les réarrangements génomiques complexes, dispersés, et se produisant à différentes échelles. - Un comparateur d'annotations fonctionnelles entre un gène de référence et ses homologues. Les annotations fonctionnelles sont classées en 3 catégories selon leur degré de mise en commun: la catégorie [Partagées] regroupe les annotations présentes chez le gène de référence et au moins 1 homologue ; la catégorie [Manquantes] regroupe les annotations présentes chez au moins 1 homologue mais absentes chez le gène de référence ; la catégorie [Unique] regroupe les annotations présentes chez le gène de référence et absentes parmi les homologues. Ce comparateur s'appuie sur une annotation fonctionnelle basée sur l’ontologie fonctionnelle Gene Ontology. Par ailleurs, Insyght propose des améliorations par rapport aux outils existants concernant les points suivants: - Un jeu de gènes d'intérêts peut être constitué librement et de façon itérative via une fonctionnalité de combinaison de filtres. Les filtres peuvent être de différentes natures (coordonnée génomique, présence / absence d'homologue, donnée d'annotation). Il est ainsi possible de formuler des requêtes ayant un sens biologique, par exemple trouver les gènes niche-spécifiques correspondant à un processus biologique particulier. Ce jeu de gènes de référence peut être analysé via une 3ème vue appelée table d'orthologues qui permet de visualiser la présence ou l'absence d'orthologues parmi plusieurs organismes simultanément. - Interopérabilité entre les 3 vues: il est possible de transférer un ou plusieurs gènes entre les vues. Nous pensons que cette représentation et ces fonctionnalités innovantes peuvent aider les biologistes à analyser plus rapidement et de façon plus exhaustive les synténies, les régions génomiques idiosyncrasiques et les homologues. Notre base de données publique contient actuellement 389 génomes procaryotes et est accessible à l'adresse http://genome.jouy.inra.fr/Insyght. Une machine virtuelle peut être téléchargée et installée localement pour réaliser l'analyse de génomes privés avec un petit groupe de génomes choisis par l'utilisateur (~20-40 génomes).