L’alternance de production est un caractère phénotypique au déterminisme génétique complexe. Exprimé par le pommier (Malus x domestica Borkh) et l’olivier (Olea europea), sa maîtrise présente un grand intérêt agronomique. Pour caractériser les aspects génétiques de ces deux traits, la régularité de production et le rendement, cinq valeurs distinctes sont calculées statistiquement et servent de bases à une détection de QTLs (zones génomiques d’intérêts) sur des cartes génétiques élaborées à cette fin pour les populations en croisement « X3263 x Belrène » pour le pommier et « Olivière x Arbequina » pour l’olivier. Ces cartes sont construites avec des marqueurs moléculaires SNP pour apporter de la précision et des marqueurs SSR qui servent de liens avec d’autres cartes pour les mêmes espèces. Suite aux analyses de données, trois types de comportements ont été isolés au sein des populations étudiées : alternant, régulier et irrégulier. Les QTLs repérés ont ensuite pu être comparés avec d’autres analyses plus anciennes et certaines similitudes ont été mises en évidence, validant les positions et les fonctions de ces zones. De plus, une première détection des gènes candidats pour ces caractères a été réalisée, les grandes catégories des gènes situés sous les QTLs du pommier ont été listées tandis que les annotations associées aux marqueurs sous les QTLs de l’olivier ont été extraites.