Lorsque les plantes sont attaquées par des agents phytopathogènes tels que les champignons, elles mettent en place des stratégies de résistance qui leur permettent de contenir ces attaques. Pour surmonter ces résistances, les champignons doivent eux aussi utiliser des artifices leur permettant d’arriver à prendre le contrôle du métabolisme des cellules végétales. Pour se faire, ils vont sécréter un cocktail de plusieurs dizaines (voire centaines) de protéines extracellulaires dont certaines vont venir cibler les voies du métabolisme cellulaire et/ou interférer avec les réactions de défense de la plante. Cette sécrétion massive d’effecteurs semble de plus se réaliser en plusieurs vagues. Leptosphaeria maculans est un champignon hémibiotrophe qui cause de sévères dégâts sur les cultures de colza. Son cycle de vie complexe passe par : - une phase saprophyte sur résidus de culture durant laquelle va avoir lieu sa reproduction sexuée ; - une phase biotrophe correspondant à la croissance des hyphes mycéliens dans l’apoplasme de la feuille suivie d’une phase nécrotrophe caractérisée par l’apparition de macules foliaires ; - une phase endophyte durant laquelle le champignon va aller coloniser les tissus de la tige ; - une phase nécrotrophe au niveau du collet entraînant la fragilisation de la tige et une possible verse parasitaire. Son génome est constitué d’une alternance de régions euchromatiniennes (isochores GC) et hétérochromatiniennes (isochores AT). Plus de six cent cinquante petites protéines sécrétées (PPS) ont été répertoriées dans le génome dont 20 % sont présentes dans les isochores AT par ailleurs très pauvres en gènes. Des analyses de RNAseq réalisées à différents stade du cycle infectieux laissent apparaître que deux vagues de sécrétion de protéines se succèdent : la première, 7 jours après le début de l’infection sur cotylédon, fait intervenir la très grande majorité des PPS issues des régions AT alors qu’à l’inverse des PPS provenant majoritairement des régions GC paraissent impliquées dans la phase tardive de l’infection (tige). D’autres études au laboratoire ont également démontré que l’expression simultanée des PPS des isochores AT au cours de la phase précoce de l’infection est rendue possible grâce à un contrôle épigénétique. Jusqu’à présent, il était admis que la détection de l’expression de PPS des régions AT était très difficile in vitro. Nos études montrent que cette détection est possible mais est fonction de la composition du milieu utilisé pour faire croître L. maculans. Nous montrerons également que des facteurs biotiques (source de carbone et d’azote, antibiotiques) et abiotiques (pH et température) font varier l’expression de PPS fongiques et que les mêmes paramètres physico-chimiques influent sur l’expression des effecteurs non seulement de L. maculans mais également de bactéries capables de se développer dans l’apoplasme.