La sécurité sanitaire pour les fruits et légumes frais est depuis une vingtaine d’années une préoccupation majeure pour les consommateurs et les gouvernements, notamment ceux du Nord de l’Europe. Notre étude s’intéresse au contrôle de la sécurité sanitaire pour les filières de légumes frais. Elle précise notamment comment s’organisent ces filières pour se conformer aux standards privés de la grande distribution et ainsi pouvoir accéder aux marchés d’exportation et aux marchés nationaux dits modernes. La plupart des travaux traitant de l’adoption de référentiels certifiés de bonnes pratiques agricoles ou de techniques de protection intégrée ne prennent pas en compte l’organisation de la filière et les interactions entre les acteurs de cette filière. Pour pallier ce manque, l’article analyse l’influence des relations verticales en se basant sur la Théorie des Coûts de Transaction. Plus précisément, on considère les incitations et les procédures de gestion mises en œuvre par les stations de conditionnement pour contrôler les producteurs et gérer le risque lié aux pesticides. Deux enquêtes ont été réalisées dans la région du Souss-Massa-Drâa au Maroc. La première considère trente stations spécialisées en tomate. Elle fournit des résultats contrastés quant à l’hypothèse selon laquelle, plus la filière est intégrée et plus le contrôle est réalisé à travers une supervision directe, et moins à travers la mise en œuvre d’un système incitatif. La seconde enquête considère 86 producteurs. Elle confirme que les filières les plus intégrées sont les plus efficaces en termes de protection des investissements spécifiques dans la production raisonnée. L’adoption de la lutte biologique et des référentiels de bonnes pratiques agricoles est ainsi plus importante lorsque les serres sont détenues par des stations privées, plutôt que par des producteurs indépendants des stations.