Caractérisation moléculaire du Yam virus X (YVX) et du Yam necrosis virus (YNV), deux nouveaux virus des genres Potexvirus et Sadwavirus infectant les ignames en Guadeloupe, et mise au point d’outils de diagnostic
Résumé
Les ignames (Dioscorea spp.) sont des ressources alimentaires économiquement et socialement importantes en Afrique, dans la Caraïbe, en Amérique du Sud et dans les îles du Pacifique. Les espèces cultivées hébergent de nombreux virus des genres potexvirus, carlavirus, badnavirus, cucumovirus, macluravirus et potyvirus, qui constituent la principale contrainte pour la conservation et la diffusion de ressources génétiques. Deux nouveaux virus appartenant aux genres potexvirus et sadwavirus, baptisés respectivement Yam virus X (YVX) et Yam necrosis virus (YNV), ont été mis en évidence par analyses in silico d’EST d’ignames. La partie 3’ du génome de chacun de ces virus a été amplifiée par 3’RACE à partir de plantes infectées et présentant des symptômes de nécrose foliaire récoltées en Guadeloupe, clonée puis séquencée. Les séquences obtenues ont permis d’établir les relations phylogéniques de ces espèces virales au sein des genres potexvirus et sadwavirus. Des amorces spécifiques de chacun de ces deux virus ont été dessinées dans la région codant l’ARN polymérase ARN dépendante (RdRp) et utilisées pour la mise au point de tests de détection moléculaire par direct binding reverse transcription PCR (DB-RT-PCR) dans des broyats de feuilles. Ces outils complètent l’arsenal disponible pour le diagnostic des virus des ignames et permettent d’entreprendre des études de prévalence du YVX et du YNV en Guadeloupe.