Pour inscrire l'agriculture dans une perspective de développement durable, les mutations en cours requièrent une nouvelle vaque d'innovations. Dans ce cadre, le passage à de nouvelles formes de protection des cultures nécessite toujours des innovations technologiques, mais la nature de ces innovations change. Cela concerne des domaines d'innovation existants, comme le biocontrôle et l'innovation variétale, dont les cahiers des charges évoluent, mais aussi des technologies émergentes qui améliorent l'efficience des méthodes de protection des cultures, tels que l'agriculture de précision ou les outils de diagnostic fondés sur des méthodes moléculaires. Au delà de ces technologies, l'accès à une véritable protection intégrée suppose des innovations de rupture portant sur l'organisation des systèmes de culture. Par exemple, en raisonnant la conception des systèmes de culture, en déployant certaines technologies à des échelles spatio-temporelles larges, ou encore en favorisant des régulations biologiques au sein des agroécosystèmes, il est possible d'agir pour limiter l'importance des pressions biotiques ainsi que pour prévenir l'apparition de résistances aux pesticides et le contournement des résistances variétales.