Le sol représente un exceptionnel réservoir de biodiversité microbienne tant en termes d’abondance et de richesse spécifique, qu’en termes de fonctions et de processus impliqués dans les flux de matière et d’énergie. Ce réservoir assure et supporte de nombreux services écosystémiques à la base de la durabilité des systèmes de production exploités par l’Homme. Cette grande biodiversité lui confère des capacités d’adaptation (résistance, résilience, redondance fonctionnelle,…) face aux activités anthropiques et aux changements globaux, et constitue ainsi une véritable assurance écologique pour l’Homme et ses moyens de production. Néanmoins, de nombreuses connaissances restent encore à acquérir dans le domaine de l’écologie microbienne des sols et notamment en intégrant les échelles larges d’investigation, tant du point de vue spatial que temporel. L’identification et la hiérarchie des filtres environnementaux déterminant la structure des communautés microbiennes et les processus de diversification impliqués constituent un enjeu primordial pour identifier des leviers de gestion des communautés microbiennes et conserver les capacités d’adaptation et de résilience des sols basées sur cette biodiversité. Les approches biogéographiques constituent un atout majeur pour atteindre ces objectifs. Ces approches à des échelles spatiales larges (paysage au continent) ont été appliquées avec succès aux macroorganismes pour identifier et comprendre les filtres environnementaux et les processus à l’origine de leur diversification. Au cours des dernières années, il a été démontré que de telles approches étaient applicables aux microorganismes mais peu d’études de biogéographie microbiennes étaient disponibles pour les sols à des échelles allant du paysage au continent. Dans ce contexte, le projet ECOMIC-RMQS (ANR, ADEME 2006-2010, coord. L. Ranjard) visait à caractériser les communautés bactériennes des sols du Réseau de Mesure de la Qualité des Sols à l’échelle de la France au travers de leur distribution spatiale en terme d’abondance et de diversité ; d’identifier et hiérarchiser les filtres environnementaux impliqués dans leurs variations ; et d’évaluer les processus de diversification au travers de la relation « aire-espèces ». L’application d’outils d’écologie moléculaire aux 2200 sols du RMQS (représentatifs de la diversité pédoclimatique des sols français et de leurs modes d’usage) a permis de mettre en évidence le rôle prépondérant des filtres locaux (occupation des sols et caractéristiques physico-chimique : pH, texture, teneur en C, …) par rapport à des filtres distaux (climat, géomorphologie,…) dans le déterminisme de l’abondance et la structuration des communautés bactériennes du sol. L’étude de la relation "aire-espèces" a quand à elle permit de mettre en évidence l’existence de processus de diversification pour les communautés bactériennes du sol, processus dont l’intensité est fonction de la diversité et de la structuration spatiale des paysages. L’utilisation des sols par l’Homme et les choix de gestion réalisés sont donc à même de moduler l’assurance écologique fournie par les sols en impactant les communautés microbiennes du sol, et leurs capacités à s’adapter aux changements globaux. A l’avenir, il sera nécessaire d’identifier si ces capacités d’adaptation sont déterminées par les mêmes filtres à d’autres échelles spatiales et de les caractériser au travers d’études considérant des échelles de temps longue afin de confirmer et même prédire les évolutions de la qualité biologique de sols et donc la durabilité des pratiques avec des résultantes sur les services écosystémiques à fournir pour le bien être des sociétés humaines.