La renégociation de la Politique agricole commune, l'élargissement de l'Union européenne à certains pays d'Europe centrale et orientale, suscitent tant dans le contexte de marchés concurrentiels que de marchés régulés, des besoins récurrents d'estimation des coûts de production des principaux produits agricoles. Cet article présente la méthodologie économétrique utilisée dans le modèle microéconomique d'estimation des coûts de production des principaux produits agricoles à partir du Réseau d'information comptable agricole. La première partie de cet article retrace les principales étapes du développement de ce modèle estimant les coefficients d'une matrice d'input-output croisant les charges et les productions, avec ses différentes utilisations, tant dans un contexte national qu'européen. La seconde partie présente une comparaison de deux spécifications distinctes du modèle économétrique : une spécification standard basée sur un modèle à équations simultanées, une spécification non paramétrique fondée sur l'utilisation des particularités de la régression des moindres carrés partiels. Les résultats présentés permettent de dégager l'intérêt respectif de chacun des modèles examinés en proposant des procédures empiriques de validation des estimations. L’article se conclut sur un argumentaire en faveur d’un observatoire des coûts de production agricole, le situant dans le contexte du futur programme-cadre européen de la recherche.