La sélection de tagSNP est un problèle de couverture d'ensembles avec des critères secondaires quadratique, qui apparaît en génétique et en analyse du polymorphisme. Les SNP sont des variations ponctuelles dans le génome d'individus d'une même espèce. Ils sont responsables de la majeure partie des variations génétiques. Dans ce travail nous avons modélisé le problème en programmation linéraire en nombre entier. Les expérimentations réalisées sur le plus gros chromosome humain avec Cplex 11 donnent d'excellents résultats. Le jeu instances est clôturé en quelques minutes, avec une réduction du nombre de tagSNP de 20% et 3% par rapport à FESTA, un logiciel référence dans le domaine.