Sélection de tagSNP: une approche PLNE - INRAE - Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement Access content directly
Conference Papers Year : 2010

Sélection de tagSNP: une approche PLNE

Abstract

La sélection de tagSNP est un problèle de couverture d'ensembles avec des critères secondaires quadratique, qui apparaît en génétique et en analyse du polymorphisme. Les SNP sont des variations ponctuelles dans le génome d'individus d'une même espèce. Ils sont responsables de la majeure partie des variations génétiques. Dans ce travail nous avons modélisé le problème en programmation linéraire en nombre entier. Les expérimentations réalisées sur le plus gros chromosome humain avec Cplex 11 donnent d'excellents résultats. Le jeu instances est clôturé en quelques minutes, avec une réduction du nombre de tagSNP de 20% et 3% par rapport à FESTA, un logiciel référence dans le domaine.
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Dates and versions

hal-02812620 , version 1 (06-06-2020)

Identifiers

  • HAL Id : hal-02812620 , version 1
  • PRODINRA : 263533

Cite

David Allouche, Simon de Givry, Thomas Schiex. Sélection de tagSNP: une approche PLNE. Congrès ROADEF'2010, Feb 2010, Toulouse, France. pp.2. ⟨hal-02812620⟩
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