Nous avons analysé la dynamique de la communauté virale et l’impact des bactériophages en tant qu’agents de mortalité des organismes procaryotiques ainsi que leur rôle potentiel dans la redistribution des ressources nutritives. Dans ce but, diverses expériences ont été menées, entre les mois de janvier et mai 2008, sur des échantillons provenant de deux profondeurs du lac du Bourget (le plus grand lac naturel français), l’épilimnion (2 m) et l’hypolimnion (50 m). La concentration virale variait entre 4.107 et 8.107 part.ml-1. La production virale variait entre 3,4.105 part.ml-1.h-1 (en mars) et 2.106 part.ml-1.h-1 (en avril) à 2 m et elle était légèrement plus élevée à 50 m. Les valeurs maximales de déclin étaient enregistrées en surface, à l’exception du mois de janvier, et les taux de perte atteignaient en février 1,9 j-1 à 2 m et 0,2 j-1 à 50 m. Les virus pouvaient être responsables de 20 à 100% de la mortalité bactérienne journalière mais ces valeurs mériteraient d’être affinées au regard du faible nombre de bactéries observé en microscopie électronique. Il semblait néanmoins qu’une forte variation de ce paramètre est observée entre l’hiver et l’été, entre 2 et 50 m. Cette variabilité pourrait être reliée aux modifications de la structure (appréhendée par PCR-DGGE), de la production et/ou de l’activité bactérienne observée au cours du temps, surtout à 2 m en lien avec les modifications observées dans les principales variables environnementales (température, lumière, nutriments, chlorophylle a). La production bactérienne variait quant à elle de 1,2 à 87 μgC.l-1.j-1 à 2 m et de 2,0 à 56 μgC.l-1.j-1 à 50 m. La fraction de bactéries lysogéniques, c'est-à-dire la proportion de bactéries contentant des prophages, variait de 0 à 60% avec des valeurs plus élevées en hiver lorsque les abondances et le métabolisme des hôtes bactériens étaient les plus faibles. Ce résultat suggérait clairement que les bactéries puissent constituer un refuge pour les virus dans l’attente de conditions favorables à leur développement et prolifération (c'est-à-dire la mise en place d’un cycle lytique). Enfin, nous avons mesuré l’impact de la lyse virale sur la redistribution du carbone, et il était observé que la concentration de ce dernier (plusieurs dizaines de μg.l-1.j-1) augmentait au fur et à mesure de l’avancement dans la saison et pouvait participer à la demande carbonée du bactérioplancton. L’ensemble des résultats a permis de mettre en évidence combien le virioplancton est important quantitativement ainsi que son rôle potentiellement très important dans la structure et le fonctionnement du réseau trophique microbien du lac du Bourget, même en période hivernale.