La multiplication des démarches qualité dans le secteur agricole et alimentaire ainsi que la récente mise en place du dispositif de l'Agriculture Raisonnée (AR) suscitent de nouvelles questions sur l'organisation des activités d'audit et de certification. L'objectif de ce travail est d'analyser les modes d'organisation et les stratégies de gestion des compétences adoptés par les organismes certificateurs (OC) pour apporter les garanties nécessaires sur la fiabilité des activités d'audit et de certification. Notre hypothèse centrale est que l'articulation entre les outils, les règles et la répartition des tâches influence le processus de construction des connaissances et des compétences. Nous montrons que l'indépendance se construit au niveau de l'organisation et de chaque individu. Après une analyse de la mise en place d'un marché de la certification, nous examinons i) comment s'organisent les processus de certification dans différents OC, ii) quelles sont les stratégies de formation et d'actualisation des connaissances des auditeurs et iii) de quelle manière est cadrée l'activité d'audit dans les OC (par quelle organisation fonctionnelle, géographique, à l'aide de quelles règles et de quels outils). Nous examinons enfin les modalités de mise en place de l'AR qui sont envisagées par les OC.