Un des risques environnementaux le plus souvent évoqué lors de l'utilisation des plantes transgéniques exprimant une toxine de Bacillus thuringiensis est la sélection d'insectes ravageurs résistants à cette toxine. Dans le cadre de cette ACI, plusieurs paramètres permettant un meilleur ajustement des stratégies de gestion de ces résistances ont été estimés. Nous avons ainsi montré que les fréquences des allèles de résistance aux toxines produites par les maïs Bt dans les populations naturelles de pyrale du maïs du sud de la France et dans celles de la Corn Belt américaine sont < 10-3. En revanche, sur un autre modèle d'étude, la chrysomèle du tremble, nos études montrent que les fréquences d'allèles de résistance aux toxines produites par les peupliers Bt peuvent être initialement (i.e., avant l'introduction de ces peupliers transgéniques) élevées (> 10-3). Ces allèles confèrent une résistance à la toxine Cry3Aa (la toxine produite par les peupliers Bt) monogénique, récessive et d’un facteur > 6400 fois. Par ailleurs, nous avons mis en évidence deux races-hôtes de pyrale, la première se développant sur le maïs, la deuxième infestant l'armoise et le houblon. Les femelles de ces deux races produisent des phéromones sexuelles différentes et les émergences sont décalées : les papillons issus de la race armoise/houblon émergent plus précocement que ceux de la race maïs. Ces deux facteurs sont probablement impliqués dans l'isolement reproducteur entre les individus des deux races-hôtes. La structuration des populations de pyrale en races-hôtes a des implications directes sur la gestion de la résistance aux maïs Bt qui nécessite le maintien de zones refuges (des zones exemptes de toxines de Bt). Les résultats de nos études montrent que les peuplements d’armoise et les massifs de houblon (sauvages ou cultivés) ne sont pas des refuges pour les pyrales issues du maïs. En l’absence de données sur les populations de pyrales colonisant d’autres plantes hôtes, il est donc nécessaire de maintenir une quantité suffisante de maïs conventionnel à proximité des maïs Bt.