L'impact économique des problèmes environnementaux dans les IAA n'est pas uniquement dû aux coûts du contrôle de la pollution, bien que ces derniers constituent un élément important de décision ; il peut aller jusqu'à faire changer radicalement l'optique même de production à l'entrepreneur. Différents facteurs jouent dans le processus de choix de contrôle de la pollution ; les aspects purement financiers (coûts-avantages) sont la conséquence d'un complexe croisement de facteurs endogènes et exogènes à l'entreprise, et qui peuvent varier dans le temps. Les institutions publiques jouent un rôle très important d'orientation du choix et du changement technologique lié au traitement de la pollution des IAA. Un paragraphe illustre un outil d'aide à la décision publique dans ce secteur. Ce type d'instruments est de plus en plus indispensable pour permettre aux décideurs de pouvoir "tester" les possibles effets économiques de leurs interventions avant de les appliquer sur des réalités complexes.