Ce document se propose d'ouvrir la voie à une comparaison entre analyse coût-efficacité et analyse coûts-bénéfices, en s'appuyant sur des observations empiriques et des expérimentations réalisées dans une région à vocation principalement agricole où les risques de pollution par les nitrates sont importants : la plaine de Bièvre-Liers (Isère-France). Sur ce site, une recherche interdisciplinaire est développée depuis 1992 principalement entre économistes, agronomes et hydrologues pour évaluer le coût de différents programmes préventifs permettant de préserver la qualité de l'eau potable et pour estimer les bénéfices attendus par les usagers de l'application de tels programmes. Une première partie présente les résultats d'une analyse coût-efficacité de la préservation de la qualité de l'eau potable, à travers deux familles de solutions : des solutions curatives basées sur différents procédés industriels de traitement des nitrates de l'eau, et diverses solutions préventives impliquant une évolution des pratiques agricoles dans les systèmes de culture intensifs présentant des risques de pollution. Une seconde partie présente des propositions méthodologiques pour effectuer une analyse coûts-bénéfices appliquée à la qualité de la ressource en eau.