Ce texte propose une méthodologie afin de déterminer les taux d'exonération fiscale des biocarburants en France. Des modèles micro-économiques des secteurs agricole et industriel sont articulés en formant un modèle de filière à deux niveaux. Ainsi, un nombre élevé d'exploitations agricoles est traité représentant la structure nationale de l'agriculture de grandes cultures ; les filières éthanol et diester actuellement opérationnelles en France sont examinées. Le gouvernement fixe les taux d'exonération ; agriculteurs et industriels agissent de façon économiquement rationnelle. Un module multicritère considère les points de vue différents en intégrant des critères environnementaux et assiste le décideur à déterminer des subventions efficaces.