La cartographie génétique chez les animaux domestiques consiste d’abord à établir le long du génome un réseau de marqueurs génétiques espacés entre eux de 20 cM et dont certains sont localisés avec précision sur les chromosomes. Parmi les différentes sources de polymorphisme disponibles sur le génome, les microsatellites sont les plus intéressants à utiliser. Ils sont très polymorphes, bien répartis le long du génome et leur étude peut être automatisée. Les connaissances recueillies sur le génome seront intégrées aux analyses quantitatives actuelles grâce à la mise en œuvre de nouveaux concepts d’analyse génétique. Elles permettront une évaluation précoce des génotypes, la mise en évidence de régions du génome intervenant dans la variabilité de caractères quantitatifs ou QTL (pour quantitative trait loci), une amélioration des méthodes d’identification des animaux et de vérification des filiations et une appréciation de la diversité génétique des races. L’analyse des parties codantes du génome complète le réseau de marqueurs. Elle permet de comparer les génomes des différents mammifères et en particulier de profiter des informations disponibles sur la carte humaine. Le but final de la cartographie est d’isoler des gènes d’intérêt zootechnique repérés sur le génome.