Les coûts actuels des biocarburants (ESTER et ETBE) sont élevés, d'où l'exonération de la TIPP pour rendre ces biocarburants compétitifs. Toutefois, les perspectives de progrès technique, tant aux niveaux agricole qu'industriel, laissent espérer des baisses substantielles de ces coûts. L'arrivée des hybrides de colza, conjuguée aux progrès agronomiques, devraient entraîner une baisse importante du coût de l'ester de colza. L'agro-raffinage des ressources glucidiques devrait également permettre une diminution du coût de l'éthanol grâce à la production jointe de molécules chimiquement intéressantes. La baisse de ces coûts doit pouvoir se faire dans le respect de l'environnement. Enfin, un champ reste encore insuffisamment exploré, celui de la production de biocarburants à partir de plantes lignocellulosiques, par des procédés thermochimiques ou par hydrolyse enzymatique. Les biocarburants ne sont pas la seule voie de valorisation énergétique des ressources agricoles et forestières. La production de biocombustibles doit également être envisagée.