Nous avons examiné le polymorphisme électrophorétique de 47 locus enzymatiques dans 24 populations naturelles et domestiques de truite commune de France ainsi que la variabilité à 5 locus microsatellites dans 4 de ces populations. La proportion de locus enzymatiques polymorphes sur l’ensemble des échantillons est de 57% et varie de 0 à 37% entre populations. Ce polymorphisme permet de distinguer 2 sous-espèces distinctes occupant respectivement les bassins atlantique et méditerranéen et dont la distance génétique standard (Nei) s’établit, en moyenne, à 0,10. La variabilité des populations atlantiques s’avère nettement plus élevée que celle des populations méditerranéennes et présente un certain degré de structuration géographique. Toutes les souches domestiques étudiées ont une origine atlantique. Les 5 locus microsatellites examinés se sont avérés polymorphes avec un nombre d’allèles variant de 2 à 8 et des taux d’hétérozygotie intrapopulation de 0 à 74%. Ils permettent aussi de distinguer la population méditerranéenne étudiée des 3 populations d’origine atlantique. L’intérêt de ces résultats pour la gestion de la diversité génétique des populations naturelles de truite commune est brièvement présenté.