Dans les agroécosystèmes, l’homme cultive des plantes pour produire. Actuellement, la protection des plantes repose essentiellement sur des actions à l’échelle de la parcelle pendant la saison culturale, souvent à base d’intrants chimiques. Parvenir à réduire l’utilisation des pesticides suppose de revoir en profondeur la manière dont les plantes sont cultivées. Plutôt que des prescriptions et des injonctions globales, permettre à chacun de comprendre les épidémies comme résultant de l’interaction entre la plante, les agents pathogènes, l’environnement et les actions humaines, c’est permettre d’imaginer les solutions possibles localement. Ceci implique beaucoup de notions différentes. L’enjeu de ce document est d’arriver à traduire les formalisations scientifiques en langage suffisamment clair pour qu’elles deviennent familières, pour inspirer les observations et les pratiques. La forme choisie est un ensemble de fiches thématiques qui peuvent être lues indépendamment, avec de nombreux schémas pour faciliter la lecture d’un texte parfois (trop ?) technique. Nous reviendrons sur les bases de la vie des plantes pour comprendre ce qui les rend malade et comment elles peuvent s’opposer à la maladie. Puis nous décrirons les épidémies et ce qui influence leur dynamique, plus particulièrement dans le contexte des agroécosystèmes. Nous verrons comment l’alternance d’homogénéités pendant la saison culturale et de discontinuités entre les saisons culturales induit la dynamique d’épidémies cycliques. Chez la plante on nomme "résistance" les caractéristiques génétiques qui réduisent la compatibilité de l’interaction avec l’agent pathogène. Ceci fait de la résistance des plantes une des tactiques pour maîtriser les épidémies. Le déterminisme et l’expression des résistances impactent à la fois le travail de sélection variétale pour la maîtrise des épidémies et l’adaptation des populations d’agents pathogènes à l’utilisation de variétés résistantes dans les agroécosystèmes. Nous aborderons ce qui détermine l’efficacité de cette tactique mais aussi ce qui détermine la stabilité de cette efficacité. Comprendre les processus d’adaptation des populations pathogènes à la mosaïque des plantes hôtes du paysage est nécessaire pour envisager des agroécosystèmes dans lesquels l’efficacité des résistances pourrait être maintenue dans le temps. Pour protéger les cultures, il est nécessaire de modifier la dynamique des épidémies. Nous verrons comment ceci est possible par des actions à l’échelle de la parcelle mais aussi à l’échelle du paysage dans lequel elle est située. Sur la parcelle, en plus des pesticides et des résistances nous rappellerons comment microbiote et biocontrôle agissent sur la plante et sur les agents pathogènes. A l’échelle du paysage, nous verrons comment la gestion de l’inoculum peut limiter la contribution des descendants pour la saison suivante et limiter la connectivité temporelle alors que le déploiement des variétés dans le paysage peut limiter la connectivité spatiale et la connectivité génétique. Je ne suis bien entendu pas spécialiste de chacune des notions abordées dans ce document. Ma contribution d’épidémiologiste est de les articuler sur une trame unique. Ce document n’est qu’une porte d’entrée vers le sujet, pour donner envie à chacun d’aller approfondir ensuite selon les besoins.